Bệnh nhân có thể hồi phục hoàn toàn không di chứng tuy nhiên trong các trường hợp khác như viêm não do herpes simplex virus, viêm não Nhật Bản B, viêm não do virus ruột tình trạng tổn thương tế bào não cũng như phù não gây nên các di chứng nặng nề như suy giảm khả năng học tập, mất trí nhớ, mất khả năng kiểm soát vận động cơ, động kinh, thay đổi nhân cách… Trẻ nhỏ dưới một tuổi thường có nguy cơ bệnh nặng hơn và có thể đưa đến bại não. Trường hợp viêm não tổn thương nặng đến thân não, nơi có trung tâm hô hấp, tuần hoàn, điều nhiệt… bệnh nhân dễ tử vong .